De stichting heeft ten doel de instandhouding en bevordering van de continuïteit van hoofdzakelijk monumenten, in het bijzonder pakhuizen en dergelijke in de Zaanstreek. De stichting tracht haar doelstelling te verwezenlijken door het in eigendom of beperkt zakelijk recht verwerven van onroerende zaken en door alle andere wettelijke middelen die aan die verwezenlijking dienstbaar kunnen zijn (artikel 2 statuten).

De stichting streeft er naar om verworven houten pakhuizen in de oorspronkelijke staat te houden. Het gebruik van de panden dient aldus hierop afgestemd te zijn. Dit beleid vergt een zorgvuldige keuze ten aanzien van het type huurders voor de panden. De Stichting is een zogenaamde ANBI-instelling (Algemeen Nut Beogende Instelling). De bestuurders van onze stichting zijn (daarmee) onbezoldigd.

De aanleiding van de oprichting van Stichting Zaanse Pakhuizen op 2 december 2002 is de verwerving, overplaatsing en restauratie van het 17e eeuwse papierpakhuis de Baars in Zaandijk ter hoogte van Molen de Dood. De Baars is een Gemeentelijk Monument. Na de Baars zijn de 18e eeuwse houtloodsen aan het Hazepad (Provinciaal Monument) in Zaandijk, molenschuur De Paauw in Nauerna, de pakhuizen en molenschuur Maas, Waal en De Schepel verworven.